私も、5分くらいで自動的に既読になってしまう現象でしたが、下記の設定で直ったかもしれません(まだしばらく様子を見てみます)
普段からGoogle ChromeでGmailを使っており、送信メールの経由サーバーを会社のサーバーに設定していました。
iPhone側の設定は、Microsoft Exchangeで Gmailを受信するように設定していました。
不具合の解消方法ですが、iPhoneの「設定」→「メール/連絡先/カレンダー」→「〇〇〇〇(自分のアカウント選択)」→「同期するメールの期間」
ここの設定が、「1週間」となっていたのを「制限なし」に変更したら、問題が解決されました。
※Gmailのアカウント(メールアドレス)を2つiPhoneに設定していましたが、ここの設定が「制限なし」で使っていたアドレスは問題なく受信し(実際にメールを開くまで既読にならない)、ここの設定が「1週間」で使っていたアドレスは、受信後、しばらくすると何故か自動的に「既読状態」になってしまいました。
後は、念のためにiPhone側のGmailの設定を全て削除してから再度設定し直し、Boxcarの設定も全て削除した後、再度設定し直しました。
これでしばらく様子を見てみます。
iPhoneとMacのGmailで併用している方は参考にしてみてください。
使用環境
パソコン
OS:Mac OS X 10.6.4
ブラウザ:Google chrome
iPhone
OS:バージョン4.1(8B117)
プッシュに使用しているAPP:Boxcar