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MMD用のボーンは名前が「右腕」「左腕」などとなっていて、Blenderのミラーの仕様とあっていないため、ボーンの対称編集やウエイト付けなどで不具合を生じます。

mato.sus304さんのぶろぐ ボーン一括リネームスクリプト http://matosus304.blog106.fc2.com/blog-entry-245.html